循環性自身抗體是診斷AIH的一個主要標準。90%的AIH病人血清中至少存在一種抗下列抗原的自身抗體：抗可溶性肝抗原/肝胰抗原(SLA/LP)、細胞核、平滑肌(SMA)、肝腎微粒體(LKM-1)、肝溶質抗原1型(LC-1)和粒細胞漿(ANCA)。在診斷AIH時，還應抗線粒體抗體(AMA)以排除原發性膽汁性肝硬化(PBC)。

原發性膽汁性肝硬化是一種以肝內小膽管炎癥性破壞，肝內膽汁郁積為特征的慢性肝病，常伴有多種免疫學的異常，其發病可能與免疫異常有關。臨床表現典型者，診斷多無困難，但此時病情多屬晚期，故早期診斷是決定治療成敗的關鍵。

原發膽汁性肝硬化是一種常見的自限性肝病，一般在中年婦女中比較常見，其發病比較慢，主要癥狀有黃疸、瘙癢、轉氨酶升高、肝功能不全等癥狀，前期可能會出現抗線粒體抗體M2，如果有可能是原發性膽汁性肝硬化患者，需要做抗線粒體抗體M2的檢測。原發性膽汁性肝硬化的主要是護肝和降黃，在臨床上，有一種叫做熊去氧膽酸的特殊藥方，可以有效改善癥狀。
此外，如果出現這種情況，患者應該注意調整飲食，盡量以清淡有營養的食物為主，有助于改善癥狀。

原發性膽汁性肝硬化又叫肥大性肝硬化或漢諾特肝硬化，適當休息，給以高蛋白、高碳水化合物，高維生素低脂飲食，皮質類固醇如氫化潑尼松口服。注意晚期骨病加劇及并發細菌感染。但因有腎毒性及骨髓抑制應慎用。實施對疾病過程的治療，應注意藥物的副作用。

原發性膽汁性肝硬化是已經發生的肝硬化，必須警惕。現在應該已經脫離肝硬化的代償期，也就是所謂的“潛伏期”。此時，肝功能雖然下降，但仍能維持一些功能，大約需要5-20年。此后，肝臟將進入失代償期。肝臟不能滿足身體功能的需要，并且很有可能由于感染而發展成肝癌。

病毒性肝炎和自身免疫性肝炎，需要通過一系列的檢查才能達到確診，而檢查的主要項目由實驗室檢查包括，血清球蛋白，病毒性肝炎標志物，循環中自身抗體高滴度，血清堿性磷酸酶等，而且還需要通過B超的檢查等來確定到底是否是自身免疫性肝炎。