肺膿腫可用金銀花、牛蒡、桔梗、淡竹葉、薄荷等中藥治療。除這些藥材外，還可用蘆根、薏苡仁、桃、連翹等。這些食物對治療肺膿腫也很有效。肺膿腫也與咳嗽有關。可以吃一些止咳化痰的食物，如枇杷、梨等。八味痰香丸是一種口服中成藥。成分包括檀香、天竺黃、紅花、丁香等。規范用藥可清肺熱，化膿止血。疾病，促進肺部健康的恢復。
治療肺膿腫的藥物主要有青霉素類藥物和大環內酯類藥物。肺膿腫確診后要及時進行治療，首先要用抗生素進行積極的治療，抗生素要覆蓋厭氧菌，比如青霉素、甲硝唑、奧硝唑、克林霉素、林可霉素等，另外還要加強痰培養的檢查，可以根據藥敏試驗更換抗生素。其次要重視痰液的引流，主要有體位引流和化痰的藥物，氨溴索、桉檸檬堿、乙酰半胱氨酸等。如果出現高熱癥狀，可以口服一些解熱止痛的藥物，比如美林、洛索洛芬鈉、阿司匹林等。如果病人有休克癥狀，應進行靜脈輸液，并應用血管活性藥物。
對于肺膿腫的病人，在病情穩定的情況下，可以口服抗生素。口服抗厭氧菌的藥物有：甲硝唑、替硝唑、奧硝唑等；還可以選用紅霉素等肺部軍團菌感染的膿腫，也可以選用阿奇霉素。
阿奇霉素口服的時候，一般都是服用三天，然后停用四天，因為阿奇霉素的藥效會持續很久。肺膿腫患者有痰多，可以口服復方甘草合劑、氨溴索口服液等化痰藥物。
血源性肺膿腫可以采用頭孢二代、頭孢三代等抗感染藥，并保留痰液樣本。可以根據患者的痰樣本進行藥敏檢測，選擇使用抗生素，但也有少數的金黃色葡萄球菌對青霉素具有抗藥性，可以使用萬古霉素、利奈唑胺、利福平等，經驗性使用二代、三代的頭孢，并使用抗厭氧菌，如甲硝唑、克林霉素、林可霉素等。另外還需要做好痰的引流工作，痰液的排出對病情的恢復有很大的幫助。
肺膿腫是可以選擇中藥進行治療的，通常對于急性期的患者是不建議采用中藥進行治療。如果患者出現高熱、咳嗽、咳濃痰、肺囊腫的情況時，需要進行抗生素治療，同時中藥是沒有特效藥的，只能起到輔助治療。肺囊腫的患者要注意避免出現感冒，可能會再次加重病情，要根據天氣的變化及時的增減衣物。要保證清淡營養的飲食，治療期間避免食用辛辣刺激的食物以及不能吸煙飲酒。