一般情況下，臉部真菌感染的治療方法有以下幾方面：
患者可以先口服伊曲康唑膠囊，但需遵醫囑，用藥前輔查肝功、血脂等，也可口服鹽酸莫西沙星片、復方甘草酸苷片等，再用復方黃柏洗劑、晟露洗劑等冷濕敷貼，也可以用鹽酸布替萘芬搽劑、鹽酸特比萘芬乳膏等交替早、晚外涂。如感染較重，需預先進行皮膚無菌清創，再用碘化鉀溶液、硝酸咪康唑軟膏等交替早外涂，平時應忌辛辣、忌飲酒等。

皮下真菌病和全身性真菌病統稱為深層真菌病。我國深部真菌病的發生率急劇上升，這與廣譜抗生素、類固醇、免疫抑制劑、器官移植、導管手術、糖尿病、愛滋病等因素有關。可通過如下方式治療：
1.臨床上以念珠菌、隱球菌、曲霉菌等最多，治療深部真菌性疾病首先要消除各種誘發因素；
2.其次要根據患者的具體情況選擇不同的抗菌藥物：兩性霉素B是目前常用的治療藥物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等藥物都可用于治療該疾病。

耳朵內有霉菌感染時，會感到奇癢難耐。在治療的時候患者要注意保持耳朵的干凈，避免潮濕，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，這樣可以起到收斂和抑制滲出的效果。可以外用復方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建議患者不能頻繁的摳耳朵，也不能進行摘耳手術，以免造成交叉感染。不能隨便買滴耳液，否則會影響到外耳道的正常細菌環境。真菌性外耳道炎首先要確定自身的免疫系統疾病和糖尿病，要及時治療才能緩解。

肺真菌感染屬于深部真菌感染，需要給予抗真菌治療。肺真菌感染一般多發生在機體免疫力較差的病人身上或者發生在服用激素、免疫抑制劑等引起機體免疫力下降的病人身上，所以需要給予抗真菌治療，一般不會自愈，并且死亡率極高，最高可達70%。

口腔真菌感染，可以使用弱堿性的水進行漱口，可以達到很好的治療效果。比如小蘇打，按照一定的比例與水進行配比，以此進行漱口。或者到買成品的堿性的溶液進行漱口，都可以取得比較好的效果。也可以吃些抗真菌類的藥物。

頭部真菌感染后會出現三種皮膚病，主要指白癬、黑癬和黃癬，本身都是真菌作用于局部頭皮后導致的皮膚病。白癬主要表現為白色斑塊、脫皮，有輕微的斷發，黑癬主要稱黑色片狀皮損，可導致頭發從發根剝脫，黃癬呈黃色皮損會呈現永久性脫發。絕大多數頭部真菌感染會伴隨明顯的頭皮、瘙癢和局限部位的脫皮，如果要治療建議選擇口服藥物配合外用藥物進行治療。