皮下真菌病和全身性真菌病統(tǒng)稱為深層真菌病。我國深部真菌病的發(fā)生率急劇上升，這與廣譜抗生素、類固醇、免疫抑制劑、器官移植、導(dǎo)管手術(shù)、糖尿病、愛滋病等因素有關(guān)。可通過如下方式治療：
1.臨床上以念珠菌、隱球菌、曲霉菌等最多，治療深部真菌性疾病首先要消除各種誘發(fā)因素；
2.其次要根據(jù)患者的具體情況選擇不同的抗菌藥物：兩性霉素B是目前常用的治療藥物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等藥物都可用于治療該疾病。

一般情況下，臉部真菌感染的治療方法有以下幾方面：
患者可以先口服伊曲康唑膠囊，但需遵醫(yī)囑，用藥前輔查肝功、血脂等，也可口服鹽酸莫西沙星片、復(fù)方甘草酸苷片等，再用復(fù)方黃柏洗劑、晟露洗劑等冷濕敷貼，也可以用鹽酸布替萘芬搽劑、鹽酸特比萘芬乳膏等交替早、晚外涂。如感染較重，需預(yù)先進(jìn)行皮膚無菌清創(chuàng)，再用碘化鉀溶液、硝酸咪康唑軟膏等交替早外涂，平時(shí)應(yīng)忌辛辣、忌飲酒等。

耳朵內(nèi)有霉菌感染時(shí)，會(huì)感到奇癢難耐。在治療的時(shí)候患者要注意保持耳朵的干凈，避免潮濕，可以在耳朵里面滴入硼酸溶液，這樣可以起到收斂和抑制滲出的效果。可以外用復(fù)方酮康唑乳膏，具有抗真菌的功效。
建議患者不能頻繁的摳耳朵，也不能進(jìn)行摘耳手術(shù)，以免造成交叉感染。不能隨便買滴耳液，否則會(huì)影響到外耳道的正常細(xì)菌環(huán)境。真菌性外耳道炎首先要確定自身的免疫系統(tǒng)疾病和糖尿病，要及時(shí)治療才能緩解。

頭部真菌感染后會(huì)出現(xiàn)三種皮膚病，主要指白癬、黑癬和黃癬，本身都是真菌作用于局部頭皮后導(dǎo)致的皮膚病。白癬主要表現(xiàn)為白色斑塊、脫皮，有輕微的斷發(fā)，黑癬主要稱黑色片狀皮損，可導(dǎo)致頭發(fā)從發(fā)根剝脫，黃癬呈黃色皮損會(huì)呈現(xiàn)永久性脫發(fā)。絕大多數(shù)頭部真菌感染會(huì)伴隨明顯的頭皮、瘙癢和局限部位的脫皮，如果要治療建議選擇口服藥物配合外用藥物進(jìn)行治療。

出現(xiàn)真菌感染，在婦科多表現(xiàn)為霉菌性陰道炎，可以出現(xiàn)豆腐渣樣的白帶，伴有局部瘙癢。可以做分泌物常規(guī)檢查確定，在醫(yī)生指導(dǎo)下給予相應(yīng)的治療措施，比如可以使用2%左右濃度的蘇打水外洗，或者使用洗液進(jìn)行清潔，并進(jìn)行陰道塞藥治療。

肺真菌感染屬于深部真菌感染，需要給予抗真菌治療。肺真菌感染一般多發(fā)生在機(jī)體免疫力較差的病人身上或者發(fā)生在服用激素、免疫抑制劑等引起機(jī)體免疫力下降的病人身上，所以需要給予抗真菌治療，一般不會(huì)自愈，并且死亡率極高，最高可達(dá)70%。