由于人群不同，生殖系統感染做的檢查也不同。
在女性中，主要是做白帶檢查、婦科超聲檢查、宮頸刮片等三項檢查。若女性陰道內有大量的白帶和分泌物，可直接使用顯微鏡檢查，觀察是否有細菌和真菌。檢查子宮、附件及盆腔積液時，可用于婦科彩超檢查，男性則做精液檢查。
生殖道感染一般需要進行實驗室檢查或者影像學檢查來確診。
如果有泌尿系統感染，男性可以做尿常規和尿培養。如果是精囊炎，可以做核磁共振，如果是前列腺炎，可以做肛門指診，或者是按摩前列腺，做前列腺液檢測。女性可以做白帶、婦科彩超、宮頸刮片等檢查。
外陰部檢查查看陰道黏膜表面是否光滑，質地是否正常，有無出血點，陰道分泌物的性狀及氣味是否正常。白帶常規檢查是否有婦科疾病，如患有性傳播疾病，先徹底治療，然后再懷孕，否則會引起流產，早產等危險。宮頸檢查確定女性是否患有宮頸炎癥，宮頸糜爛和贅生物等，子宮及附件檢查查看女性是否會患有子宮肌瘤，卵巢腫瘤，子宮內膜異位癥，盆腔炎等婦科疾病。
生殖系統傳染病通常會做血液化驗、皮膚情況檢查、分泌物化驗等檢查。
生殖系統傳染病指主要通過性接觸傳播的一組傳染性疾病，主要包括尖銳濕疣、梅毒、艾滋病、生殖器皰疹等。如果患者想要明確病情，通常需要做尿常規、血液化驗、皮膚情況檢查、分泌物化驗、常規精液分析等檢查。
生殖科由男性生殖和女性生殖兩部分組成。
男性生殖科既可對男性進行性功能檢查，也可對精液進行檢測，以了解有無男性不育的情況。
女性的檢查項目就比較多，包括輸卵管情況檢查、卵巢功能檢查排卵檢查等，并對綜合因素進行考察。
不孕癥的發生受到多種因素的制約，因此，在生殖科應進行細致的檢查，明確不孕的原因。
