痛經：痛經是子宮內膜異位最明顯的癥狀，卻是最容易忽略的先兆，常進行性加重。性交疼痛：這也是一個明顯的信號，可能還伴有點狀出血，卵巢巧克力囊腫的癥狀并不是十分的明顯。
卵巢巧克力囊腫的常見癥狀，性生活痛、這是卵巢巧克力囊腫最明顯的癥狀，子宮直腸窩陰道后穹隆，宮骶韌帶等部位的子宮內膜異位癥等均可發生性生活痛，而且常于月經前較為明顯；白帶異常；痛經；即使沒有避孕也不會出現懷孕的情況。
克力囊腫引起管腔閉塞、囊腫或粘連，均會妨礙精子、卵子或受精卵的運行，致使受精卵到達宮腔產生障礙而發生宮外孕。宮外孕時引起的輸卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊腫生長到一定階段，就會引起輸卵管粘連、堵塞，破壞輸卵管的正常生理功能，從而導致繼發不孕癥。適當多吃一些優質蛋白質、B族維生素、葉酸、鐵、鈣等營養物質，如雞蛋、豬肝、牛奶、豆類及其制品、新鮮蔬菜、蘑菇、木耳、海帶、紫菜、魚類等。
巧克力囊腫的早期癥狀是痛經，且呈進行性加重，有的也可沒有癥狀，是由于不孕癥，去醫院檢查時才發現的。巧克力囊腫的癥狀主要是月經量多、痛經、腹部包塊，尤其是會出現性前時疼痛出血。
卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種類型，隨著病情的發展，可能會出現持續性下腹疼痛，月經失調，不孕子宮內膜發生因為比較明顯的癥狀就是痛經。在性生活時會出現性交疼痛，這也是巧克力囊腫中表現出的一個特征。