本來是應該只存在于子宮內，子宮內膜具有根據體內激素水平的變化周期性增殖、脫落而形成月經。子宮內膜出現在別的地方。出現在其他地方的子宮內膜也和處于子宮內的子宮內膜一樣，具有周期性增殖、脫落的規律。

造成巧克力囊腫的原因是，房事過多：卵巢巧克力囊腫大多和體內雌激素分泌過高有關。內分泌因素：是造成卵巢巧克力囊腫的主要病因，卵巢雖小，卻是產生卵子并排卵、內分泌激素、平衡內分泌的重要器官，卵巢巧克力囊腫多發于內分泌旺盛的生育年齡。

主要是具有活性的子宮內膜細胞種植在卵巢上，并且隨著卵巢周期性的變化而發生變化，比如在周期性的子宮內膜脫落出血形成臨床月經的時候，種植在卵巢上的子宮內膜也會出現周期性的出血現象，天長日久，出血量會增多，并且會形成陳舊性的出血，陳舊性的出血肉眼所見類似于巧克力的樣子，所以稱為巧克力囊腫。

生理原因：因為內膜是在卵巢生長的，所以在生理期的時候，內膜并不會隨著離開，而是在卵巢位置淤積，使卵巢位置出現囊腫。分娩、人流次數過多：因為巧克力囊腫是由月經期子宮內膜碎片引流不暢導致的，最后就會影響月經血從陰道流出。

巧克力囊腫最主要的病因是內分泌的因素，其次，分娩多次流產也可引起，輸卵管堵塞，也是巧克力囊腫的病因之一，性生活過于頻繁，也是導致巧克力囊腫的重要原因。內分泌因素、炎癥因素（患有盆腔炎等疾病并且出現了盆腔粘連的情況，沒有得到及時地治療，造成大量的積血淤積）子宮內膜因素（脫落的子宮內膜隨經血逆流進入腹腔）壓力過大等都是導致卵巢巧克力囊腫的誘因，治療該病一般選擇手術治療，術后配合藥物治療。

巧克力囊腫，其實就是由于子宮內膜異位造成的卵巢囊腫。因為囊腫里面，都是一些陳舊性的血液，就和巧克力的顏色差不多，所以就叫巧克力囊腫。如果巧克力囊腫大于5厘米，也容易發生一些并發癥，需要手術治療。如果比較小，可以服用桂枝茯苓膠囊調理。