一般情況下，基底動脈閉塞腦干梗死，通常是大范圍的腦干梗死。這種情況比較嚴重，可能會有肢體癱瘓、精神障礙等情況，會導致呼吸、血壓、心跳、血氧飽和度降低。需要進行心臟監測，如果病人有不穩定的情況，可以使用呼吸機。在出現嚴重的精神癥狀時，可以給予醒腦寧、安宮牛黃丸、復方麝香等藥物。
在病情平穩后盡快進行康復訓練，主要有吞咽、四肢功能、針刺等。平時多注意低脂低鹽清淡飲食，促進血液循環、末梢神經功能恢復。
通常情況下，腦干梗死可以通過手術治療、理療、使用藥物等方式進行治療。
腦干梗死病人會有眩暈、身體失衡、吞咽困難、喝水嗆咳嗽等癥狀。若有吞咽障礙、飲水嗆到，短時間內無法康復，則需將胃管切開，并保持胃管內營養，給予鼻內喂食，待病情平穩后，再進行平衡訓練和針灸。病情較重的時候會表現為肢體癱瘓、肢體癱瘓等癥狀，大部分病人還會伴有顱內壓力升高和腦積水，可以采用醒腦靜、醒腦、甘露醇、甘油果等藥物進行醒腦。
一般來說，腦干損傷可通過藥物治療、日常調理的方式進行處理，具體分析如下：
針對出血引起的腦干損傷，建議通過手術的方式進行治療；也可以用甘露醇進行脫水治療，緩解癥狀；針對外傷或炎癥引起的腦干損傷，可以在醫生的指導下應用單唾液酸四己糖，神經節苷脂等藥物，配合抗生素，糖皮質激素進行治療。在日常生活中，患者要注意飲食健康，戒煙戒酒，以清淡和易消化的食物為主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鮮的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴飲暴食，保持心情舒暢，適當運動，比如慢跑、游泳等，有利于身體健康。
觀察枕三經針刺治療小腦腦干梗死所致眩暈的臨床療效。方法：將80例病人隨機分為2組各40例，2組均按指南常規治療，對照組在此基礎上加用常規針刺治療，治療組在指南常規治療的基礎上加用枕三經針刺治療。
腦梗死的治療方法包括一般治療、藥物治療、手術治療等，需在醫生指導下進行。
1.一般治療：包括臥床休息、加強皮膚、口腔、呼吸道及大小便的護理、注意水、電解質的平衡等。
2.藥物治療：根據病情使用溶栓藥物如阿替普酶，抗血小板聚集藥物如阿司匹林，神經細胞保護藥物如依達拉奉，以及中藥化瘀丸，具有益氣活血、化瘀通絡的功效，可降低血液黏稠度，抑制血小板聚集，能夠較好地促進患者腦血管通暢，恢復腦細胞功能。
3.手術治療：如果腦梗死影響腦干功能或引起腦脊液循環阻塞，可行后顱窩減壓術來解除腦干壓迫。大腦半球的大面積腦梗死的患者可行開顱減壓術或部分腦組織切除術。
