目前自身免疫性腦炎可以通過糖皮質激素、免疫球蛋白等藥物來進行治療，如果有癲癇發作、精神癥狀等并發癥，需要對癥支持治療，同時還需要進行抗腫瘤治療。
對于合并的疾病，比如癲癇的治療可以采用抗癲癇藥物治療。
1.糖皮質激素：常規應用糖皮質激素沖擊療法，甲潑尼龍靜點后改為口服，逐步減少劑量；如果是輕度的，可以選擇服用口服激素，而不是沖擊治療，一般是6個月，期間要觀察腦炎的活動情況，同時還要考慮到病情的變化和復發。
2.免疫球蛋白：作為自身免疫性腦炎的第一線免疫療法，可以提高病人的抗感染、免疫調節功能，如果病情較重，可以配合激素，2~4周反復注射靜脈免疫球蛋白，可以反復或多次注射。
3.血漿置換：可以和激素結合，但如果靜脈注射了免疫球蛋白，則不能馬上進行血漿交換，否則血漿交換很難影響鞘內自身抗體的合成，如果是腦脊液抗體為陽性，血清抗體為陰性，則需要進一步驗證。
4.利妥昔單抗：在外周血CD細胞被清除之前，應視外周血CD陽性B細胞水平而定。國外有50%以上的抗N-甲基-D-天冬氨酸受體腦炎。在我國，此藥是一種超范圍使用的藥物，患者要遵守患者的知情同意和藥事流程，同時要考慮到患者的感染風險和副作用。
5.環磷酰胺：這是一種二線藥物，主要用于對一線藥物不敏感的患者，在癥狀消失后停止使用。
6.嗎替麥考酚酯：主要是針對復發病人，對于一線免疫治療無效的自身免疫性腦炎，對腫瘤陰性的嚴重的N-甲基-D-天冬氨酸受體腦炎的病人。

精神異常，行為異常，部分病人無特殊事件刺激和誘發因素，且無典型家族史，突然出現的精神行為異常，還可出現焦慮，抑郁的神經心理表現，易被誤診和漏診。癲癇發作，如LGI1腦炎，表現為面-臂肌張力障礙性癲癇發作，病人一側上肢或下肢抽動樣發作，同時伴同側面部抽動，甚至走路反復摔倒。認知功能下降，表現為進行性近事記憶下降，工作記憶下降，易漏診。

自身免疫性腦炎治療包括免疫治療、對癲癇發作和精神癥狀的癥狀治療、支持治療、康復治療。合并腫瘤者進行切除腫瘤等抗腫瘤治療。免疫治療分為一線免疫治療、二線免疫治療和長程免疫治療。抗NMDAR腦炎者一經發現卵巢畸胎瘤，應盡快手術切除。

自身免疫性腦炎主要有頭痛、頭暈、發熱、反復抽搐、惡心嘔吐、咽喉痛、乏力、腹痛、腹瀉等一般癥狀。嚴重者可出現顱內壓增高引起的嗜睡、顱內壓增高、意識障礙、偏癱、麻痹、腦疝等癥狀。

控制人體不良免疫反應的方式，一個是們丙種球蛋白的治療，一個是激素治療，有一部分病人們還可以用血漿置換，這都是改變自身不良免疫功能異常的治療方法。自身免疫性腦炎它是一種免疫功能異常，們在治療上面要控制它的免疫功能，控制人體不良的免疫反應。

自身免疫性腦炎如果比較輕微，一般不嚴重，但如果癥狀比較明顯，可能是比較嚴重的。
自身免疫性腦炎是一類由自身免疫機制介導造成的疾病，患者可能會出現反應遲鈍以及惡心、嘔吐等癥狀，如果病情比較輕微，可能并不會特別嚴重，但還有一些患者可能出現癲癇持續狀態，病情還伴有意識障礙，一般是比較嚴重的，建議要及時去醫院，積極的用藥物進行治療。