腎囊腫一般沒有什么臨床癥狀，常常是在做彩超時發現腎臟有囊腫，但是如果腎臟囊腫比較大，或者本身繼發感染或者本身破裂出血，就會有比較明顯的癥狀。比如：會有腰疼，腰痛一般都是脹痛，一般都是因為囊腫擠壓腎臟導致，再有會有血尿，如果腎盂旁的囊腫壓迫了腎盂，就會出現鏡下的血尿。

多數腎囊腫病人早期一般無任何癥狀及體征，多在例行檢查時被發現。有癥狀者臨床以腰腹部脹痛最常見，腹部可觸及包塊，肉眼及鏡下血尿、高血壓、反復出現泌尿系感染等亦較常見。

腎囊腫臨床表現為，腰腹部有疼痛不適，平時小便中可能帶些或含有蛋白質的表現。所以要檢測腎囊腫，結合腎臟彩超，腎功能化驗等方法進行鑒別，現在的醫療技術還是比較發達的，腎囊腫是很容易被治好的。

兒童腎囊腫早期通常沒有癥狀。
兒童患腎囊腫要引起重視，及時治療，囊腫逐漸增大會有腹部腫塊、腰痛、血尿、蛋白尿等癥狀。家長要重視，要帶兒童及時到醫院檢查治療。一般要檢查血常規、尿常規、B超及腎功能，一般通過手術的方式治療。生活中不要吃巧克力和辛辣的食物，多休息，保證規律的作息，注意做好保暖，避免感冒。

有可能會出現腰、腹不適或疼痛，腎臟因多囊含水量大，變得沉重，下墜牽拉，也會引起腰部疼痛。癥狀有疼痛，為隱痛，鈍痛，固定于一側或兩側，向下部及腰背部放射，血尿，可表現為鏡下血尿或肉眼血尿。腹部腫塊，有時為病人就診的主要原因，60%—80%可觸及腫大的腎臟。腎臟愈大，腎功能愈差。

腎囊腫破裂與腎結石急性發作往往容易混淆，都有腎虛腳痛或者是脹痛，然后有血尿或者是尿路感染的癥狀，因此在治療上需要結合的臨床表現選擇藥物治，藥物治療需要在醫生的指導下進行。