慢性乙型肝炎的治療主要包括抗病毒、免疫調節、抗炎保肝、抗纖維化和對癥治療，其中抗病毒治療是關鍵，只要有適應證，且條件允許，就應進行規范的抗病毒治療。對于慢性乙型肝炎必須采取以抗病毒為主的綜合治療，才能最大限度地抑制病毒復制。

目前確診有效的主要是干擾素，干擾素是公認的對乙型肝炎病毒復制有一定作用的藥物，作用機制主要是阻斷病毒的繁殖以及復制，主要是通過抗病毒蛋白，導致RNA裂解阻止乙型肝炎病毒的復制，以及誘導受感染的肝細胞抗原表達，這樣能夠對有些感染細胞能夠起到識別和殺傷作用。

慢性肝炎抗病毒治療的藥物有：是口服的核苷類藥物，現在認為的是長效的，這兩類藥物可以單藥使用，也可以聯合使用，但是這兩類藥物都很難達到治療病毒的效果，都需要長期用藥。

1.對慢性HBV感染，病毒復制指征持續陽性者，抗病毒治療方法是一項重要措施。目前抗病毒藥物，效果都不十分滿意。應用后可暫時抑制HBV復制，停藥后這種抑制作用消失，使原被抑制的指征又回復到原水平。有些藥物作用較慢，需較長時間才能看到效果。由于抗病毒藥物的療效有限，且僅當病毒復制活躍時才能顯效，故近年治療方法慢性乙型肝炎傾向于聯合用藥，以提高療效。

慢性乙型肝炎至今為止，還沒有任何一種藥物或治療方法能夠很有把握的實現乙肝表面抗原的陰轉或血清學轉換。還有一部分病人在經歷了漫長的疾病進程，甚至于病情已經發展到肝硬化、肝癌階段，自發的實現了表面抗原的陰轉或血清學轉換（HBsAg→HBsAb），但此時病情已接近或達到終末期，從病毒清除中所獲得的收益已經微乎其微。

慢性乙肝攜帶者，肝功能正常，腹部彩超正常，在肝炎免疫耐受期，或者乙肝免疫穩定期，或者是非活動期，都不需要治療。
要有充足的休息、充足的睡眠、少喝酒、定期檢查乙肝五項定量、乙肝DNA、肝功能、腹部彩超、血常規等。如果肝功能反復出現異常，或者達到抗病毒治療的指征，那么需要進行抗病毒治療。抗病毒治療包括干擾素抗病毒治療方案和口服核苷類藥物抗病毒治療方案。干擾素抗病毒治療是首選干擾素抗病毒治療。由于干擾素抗病毒治療的重點是治療，有效療程一般為一年左右，核苷類藥物抗病毒治療需要長期服用。