肛瘺是不能針灸治療的。肛瘺是由于肛周膿腫造成的竇道，由于與外界相通，大便時會有糞便進入竇道，長期感染，經久不愈，是一種器質性病變。可以在痿官內塞藥紙進行治療。
肛瘺是需要醫治，不治是不會自己好的，一般可以通過手術醫治，在飲食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平時還要注意局部衛生，多用清水清洗，還要多注意休息。
肛瘺是肛門直腸周圍膿腫的后遺疾患，膿腫破潰或切開后不能愈合，最終形成瘺管，肛瘺只能夠通過手術切除瘺管、內口，到目前為止還不能以非手術的方法。其手術的原則是徹底切除瘺管、正確處理內口。
電療儀治療，運用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘺達到治療目的。冷凍治療，適用于低位單純性肛瘺的治療，是利用液氮使瘺道發生凝固性壞死。繼而脫落，形成新的創面而自愈。
部分肛瘺是可以不用手術的，忌食有刺激性的食物，辛熱之品易使腸胃發作濕熱，多食蔬菜水果，如蘋果、香蕉、梨等；加強腸蠕動而通利大便，調整胃腸氣機。宜食蜂蜜，有清熱補中，潤燥滑腸，為通調大便之佳品。宜食粗纖維食物，如芹菜、韭菜等。