肛瘺是需要醫治，不治是不會自己好的，一般可以通過手術醫治，在飲食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平時還要注意局部衛生，多用清水清洗，還要多注意休息。
一般治療的時間和嚴重程度有關的，有的可能在一周到半個月左右的不等，需要定期到醫院復查，平時一定要注意個人衛生避免感染，肛瘺的主要原因是肛周膿腫，直腸肛門損傷，肛門裂反復感染等因素導致的。
肛瘺當然需要治療，而且治療方法只有手術治療，肛瘺有比較簡單的低位單純肛瘺和比較難的高位復雜肛瘺。低位單純肛瘺往往做肛瘺切除術就可以治號，而高位復雜肛瘺則需要做肛瘺切開術或者肛瘺掛線術。
肛瘺是肛門直腸周圍膿腫的后遺疾患，膿腫破潰或切開后不能愈合，最終形成瘺管，肛瘺只能夠通過手術切除瘺管、內口，到目前為止還不能以非手術的方法。其手術的原則是徹底切除瘺管、正確處理內口。
部分肛瘺是可以不用手術的，忌食有刺激性的食物，辛熱之品易使腸胃發作濕熱，多食蔬菜水果，如蘋果、香蕉、梨等；加強腸蠕動而通利大便，調整胃腸氣機。宜食蜂蜜，有清熱補中，潤燥滑腸，為通調大便之佳品。宜食粗纖維食物，如芹菜、韭菜等。