10天-15天可以治愈，冷凍治療，適用于低位單純性肛瘺的治療，是利用液氮使瘺道發生凝固性壞死。繼而脫落，形成新的創面而自愈。電療儀治療，運用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘺達到治療目的。
肛瘺多久能痊愈；手術后按時換藥，平時注意衛生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食習慣，因肛瘺的發生與濕熱有關，對于油膩飲食，可以內生濕熱，所以不宜多吃。養成良好的排便習慣，每日排便后坐浴保持肛門清潔，對預防感染有積極作用。避免一直保持同樣姿勢，坐著工作的人每隔一小時要能走動三、四分鐘。
肛瘺多為化膿性感染所致，少數為特異性感染，如結核、克羅恩病、潰瘍性結腸炎等感染亦可所致。最佳治療辦法可以手術處理。通常術后需要半月到一月時間恢復，手術觀察期間一定要注意飲食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的衛生清洗，勤換內褲。
一般治療的時間和嚴重程度有關的，有的可能在一周到半個月左右的不等，需要定期到醫院復查，平時一定要注意個人衛生避免感染，肛瘺的主要原因是肛周膿腫，直腸肛門損傷，肛門裂反復感染等因素導致的。
如果是做手術，需要幾十分鐘的時間，肛瘺手術多長時間才能夠恢復，要因病情而異、因人而異，比如體質好的人，可能一個肛瘺十幾天就長好了，體質差的人可能得長20多天，30多天；好比說血糖高的，可能要長到兩個月才能長好。