肛瘺的癥狀是會排膿，膿汁粘稠，黃色、味臭；瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水；若膿量增加，則表示新瘺管生成瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升。
肛瘺是在肛門周圍出現一個漏口，而且里面出現有膿的情況，也就是說這段時間疼痛比較嚴重，而且，內褲上會有出現膿的分泌物，檢查一下肛門周圍會有出現漏眼的地方，這就是肛瘺的癥狀，肛瘺多數都是因為痔瘡，有肛周膿腫，沒有得到及時的治療，嚴重引起的。只能通過手術，沒有其他的方法。
肛瘺的癥狀有流膿，腫痛，腫塊，瘙癢，全身癥狀，復雜或遷延日久常有排便困難、狹窄、貧血、身體消瘦、精神萎靡、神經衰弱等癥狀，繼發感染時有不同程度的體溫升高等全身癥狀。
常見癥狀是肛周反復流膿流液，可伴有肛周疼痛，及肛周瘙癢。全身癥狀少見，如遷延不愈，可伴有肛門狹窄、排便困難，貧血，精神萎靡等癥狀。如伴有繼發性感染，可有發熱等全身癥狀。
輕微肛瘺癥狀，流膿，肛瘺流膿的程度與瘺管的長短、多少是有一定關系的，新生的瘺管流膿較多，分泌物不斷的刺激皮膚，出現瘙癢的癥狀，而且瘺管內的膿液積聚也會出現腫脹疼痛，甚至會引起發燒，而且瘺管外口排出的膿液一般是血性有粘稠性的，比較深的高位肛瘺，還會有糞便和氣體排出。