肛瘺手術后的癥狀容易出現局部紅腫，熱痛等，可能是局部有感染引起的，可以及時外科進行檢查，結合醫生合理治療，平時注意飲食清淡易消化，多吃蔬菜水果。需要保持大便通暢。
肛瘺的癥狀是會排膿，膿汁粘稠，黃色、味臭；瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水；若膿量增加，則表示新瘺管生成瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升。
肛瘺手術失敗后，表現為，局部肛門外緣的瘺口，或者是傷口久不愈，里面形成內口。主要表現為肛緣的瘺口，分泌物，反復的腫脹，局部腫脹，可能伴有一些熱痛等不適，考慮肛瘺復發，或者是手術失敗。考慮是手術過程中并沒有完全清除，或者是切除瘺口漏洞，或者是術后護理沒有護理妥當。
肛瘺常常會伴有肛周的干癢和有膿腫出現，也會使腸胃發生不適出現腹脹，腹痛的癥狀，排便也會受到影響，而且反復發作，長時間不愈合，和愈合以后很快又會腫痛破潰，腫痛和破潰這兩種病癥是交替出現。甚至伴有出血的癥狀。肛瘺這種病，是由肛周膿腫發展而來的。
肛門口周圍流膿周期性發作，時有時無，膿液較少。肛門口周圍腫痛一般不疼，當膿液積存于管腔內引流不暢時，局部脹痛，當膿液流出后疼痛馬上減輕。肛門口周圍有腫塊，大部分可在肛緣觸及索條狀硬塊，按壓輕度疼痛。