一般情況下，引起慢性直腸炎的病因有很多，應在辯證的基礎上，明確病因，根據病因，對癥治療。
口服藥物有時候是中成藥，有時候是中草藥熬制成湯劑，中成藥用的比較多的是腸炎寧，歸脾丸，補充益氣丸等。中草藥一般是具有清熱解毒，消腫散結，消炎止疼的功效，臨床上比如黃連，黃芪，黨參，蒲公英，五倍子等。也可以用以上中藥煎湯灌腸治療。取足三里、上巨虛、天樞穴、合谷穴等穴位。

慢性的直腸炎，屬于良性的改變，也不是很嚴重的疾病可以考慮選擇消炎藥治療的，另外就是注意個人的習慣了，盡量地不要吃辛辣刺激的食物，另外就是生冷刺激的食物也少吃，多喝水保持大便通暢。

患有慢性直腸炎就應該到正規的公立性醫院檢查，查清病因，聽從醫囑來使用消炎之類的藥品治療，治療期間盡量是清淡飲食，多吃蔬菜和水果，避免油膩辛辣刺激性食物，避免受到煙酒的刺激。

慢性直腸炎的治療方法主要是改變飲食習慣，平時少吃辛辣油膩的食物，少吃咸菜，少吃不易消化的食物，季節性變化應注意保暖，避免感冒，避免致病因素，每天保持大便通暢，定期復查腸鏡，多吃水果蔬菜，少吃冷食。

痔瘡和慢性直腸炎可以使用藥物進行治療，還要從生活飲食上進行調理，要生活規律，清淡飲食，多吃蔬菜和水果，避免油膩辛辣刺激性食物，避免煙酒刺激。慢性腸炎容易引起并發癥，例如肛管炎、缺鐵性貧血等，需要及時的治療。

慢性直腸炎是一種原因并不很清楚，反復發作的慢性疾病。從現在有的臨床的研究來看，并沒有一種治療可以導致它治好不再發作。但是慢性直腸炎是可以臨床控制癥狀的，通過藥物治療包括灌腸、口服藥物以后能達到臨床沒有任何癥狀。通過飲食以及生活調理，還有避免誘因的出現來長期的讓它不發作，這樣對于慢性直腸炎也就叫臨床控制了。