一般情況下，引起慢性直腸炎的病因有很多，應在辯證的基礎上，明確病因，根據病因，對癥治療。
口服藥物有時候是中成藥，有時候是中草藥熬制成湯劑，中成藥用的比較多的是腸炎寧，歸脾丸，補充益氣丸等。中草藥一般是具有清熱解毒，消腫散結，消炎止疼的功效，臨床上比如黃連，黃芪，黨參，蒲公英，五倍子等。也可以用以上中藥煎湯灌腸治療。取足三里、上巨虛、天樞穴、合谷穴等穴位。

慢性直腸炎是一種原因并不很清楚，反復發作的慢性疾病。從現在有的臨床的研究來看，并沒有一種治療可以導致它治好不再發作。但是慢性直腸炎是可以臨床控制癥狀的，通過藥物治療包括灌腸、口服藥物以后能達到臨床沒有任何癥狀。通過飲食以及生活調理，還有避免誘因的出現來長期的讓它不發作，這樣對于慢性直腸炎也就叫臨床控制了。

慢性直腸炎的治療方法主要是改變飲食習慣，平時少吃辛辣油膩的食物，少吃咸菜，少吃不易消化的食物，季節性變化應注意保暖，避免感冒，避免致病因素，每天保持大便通暢，定期復查腸鏡，多吃水果蔬菜，少吃冷食。

慢性的直腸炎，屬于良性的改變，也不是很嚴重的疾病可以考慮選擇消炎藥治療的，另外就是注意個人的習慣了，盡量地不要吃辛辣刺激的食物，另外就是生冷刺激的食物也少吃，多喝水保持大便通暢。

慢性直腸炎需要中西醫結合來治療效果比較好。注意飲食的調節，一定要吃容易消化食物，過涼的、過硬的、辛辣刺激的食物都不能吃，主要是管住嘴，再服用中藥補氣的藥。避免受涼，控制情緒外，不進食豆類及豆制品，麥類及面制品，以及大蒜、韭菜、洋山芋、皮蛋、卷心菜、花生、瓜子等易產氣食物。

直腸炎的病人出現了便秘，首先可以選擇應用灌腸，是先將加熱到40度左右，每次20~40毫升推出到肛門之內保留20分鐘以上，潤滑腸道能夠起到輔助排便的作用。同時也應該注意飲食方面的調理，多喝水。