自身抗體一般都是自身免疫病的標志，自身抗體是指針對自身組織，器官、細胞及細胞成分的抗體，自身免疫性疾病中有許多自身抗體，其中最重要的是抗核抗體，另外，抗心磷脂抗體、中性粒細胞胞漿抗體、抗線粒體抗體、抗紅細胞抗體、抗血小板抗體、抗內皮細胞抗體、抗神經元抗體、類風濕因子、抗甲狀腺球蛋白抗體、抗胰島素體抗體等也都是自身抗體。

糖尿病自身抗體三項主要是指抗胰島素自身抗體，胰島細胞抗體及谷氨酸脫羧酶抗體。這三種抗體是特異性診斷一型糖尿病的依據，因為一型糖尿病主要是由于胰島b細胞受到了自身免疫的攻擊，其中抗胰島素自身抗體和胰島細胞抗體，是證明體內發生了自身免疫效應。

胰島細胞抗體有90%都是出現在胰島細胞抗體，對病情具有一定的診斷價值，適合從未使用過外源性胰島素的病人，一般可體檢出與胰島素相結合的自身抗體。抗胰島素自身抗體的出現與I型糖尿病有一定的關系。

甲狀腺抗體是免疫系統對甲狀腺自身成分產生的自身抗體，經常測定的包括甲狀腺球蛋白抗體、甲狀腺微粒體抗體和促甲狀腺激素受體抗體。
在甲狀腺激素生產過程中，甲狀腺需要使用甲狀腺球蛋白作為生產線，碘有機化合成甲狀腺激素也需要甲狀腺微粒體。免疫系統如果不認識甲狀腺球蛋白和甲狀腺微粒體，就會自認為是敵人而發生反應，通過自身免疫反應產生自身抗體。

糖尿病自身抗體的三個項目包括：
1、最常用的胰島素自身免疫抗體是胰島素抗體。如果受檢者沒有注射過胰島素，胰島素抗體陽性則高度懷疑為1型糖尿病；但如果長期服用胰島素，多年后會出現胰島素抗體，不足以作為糖尿病分型的指標。
2、谷氨酸脫羧酶抗體，也稱為GAD抗體65，也用于鑒別診斷。四種抗體中，抗體持續時間最長，用于糖尿病的分型診斷；
3、胰島細胞抗體稱為ICA，即ICA胰島細胞抗體。如果胰島細胞抗體陽性，也反映了機體分泌的抗體本來是用來破壞病毒的，但這個抗體是用來攻擊自身的胰島細胞的，強烈提示可能是1型糖尿病；

甲狀腺自身抗體三項包括抗甲狀腺過氧化物酶抗體、抗甲狀腺球蛋白抗體以及促甲狀腺受體抗體。抗甲狀腺過氧化酶抗體和抗甲狀腺球蛋白抗體，主要是診斷自身免疫性甲狀腺炎，也就是橋本式甲狀腺炎的重要指標。