肛瘺的一部分原因，是因為人體內濕熱，保持健康飲食習慣。不要吃油膩和濕氣重的食品。飲食以清淡為主要，多吃綠色的蔬菜，多吃富含蛋白質的食物。去醫院肛腸科進行檢查，確診后進行手術治療。
肛瘺要及時就醫，還要注意肛門護理，坐姿時要讓肛門懸空透氣，便后要用水清洗干凈，熏蒸坐浴要保證足夠時間，大便后不但要用肛部清潔器沖洗，還需要用肛部消毒巾擦拭消毒，因為便血的傷口會受到大便中細菌的污染，如果不及時消毒，細菌滋生會造成病情惡化。
安氏療法。采用探針檢查和雙氧水灌注的方式，準確檢查內口，這種科學的檢查方式準確率高達99%，為下一步治療提供依據。接著，對病灶部位進行治療。對肛瘺的治療采用微創的小切口，對主要的病灶部位切開，對口引流，對內口和外口分解處理，部分切開部分保留，化復雜為單純。
根據瘺管深淺、曲直，可選用掛線療法、肛瘺切開或切除術。手術治療，原則是將瘺管全部切開，必要時將瘺管周圍瘢痕組織同時切除，使傷口自基底向上逐漸愈合。電療儀治療，運用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療，利用電弧放電產生高溫，對局部組織進行燒灼，以切開肛瘺達到治療目的。
肛瘺的保守治療可使用肛周用藥，包括坐浴、栓劑、膏劑暫緩癥狀，消除肛周的炎癥，但治好還需手術治療。低位單純性肛瘺可在術中找到肛隱窩，剔除瘺管即可；而高位復雜性肛瘺需掛線治療，以保護肛門括約肌功能，預防術后造成大便失禁。