肛瘺的癥狀是會排膿，膿汁粘稠，黃色、味臭；瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水；若膿量增加，則表示新瘺管生成瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升。
肛瘺的典型癥狀：反復自外口流出少量膿液，污染內褲；有時膿液刺激肛周皮膚，有瘙癢感。若外口暫時封閉，膿液積存，局部呈紅腫，則有脹痛，封閉的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反復發作，可形成多個外口，相互溝通。如瘺管引流通暢，則局部無疼痛，僅有輕微發脹不適。
可有肛門流膿、腫痛、腫塊、瘙癢等癥狀，膿液經常刺激瘺口周圍皮膚，致肛門皮膚瘙癢或濕疹。肛瘺是肛門直腸瘺的簡稱，是發生在肛門直腸周圍的膿腫潰破或切口引流的后遺病變。肛瘺是膿腫后時代，是一個疾病的兩個階段。
可有肛門流膿、腫痛、腫塊、瘙癢等癥狀，膿液經常刺激瘺口周圍皮膚，致肛門皮膚瘙癢或濕疹。常伴有排便困難、貧血、身體消瘦、精神萎靡、神經衰弱等。一般不疼，當膿液積存于管腔內引流不暢時，局部脹痛，當膿液流出后疼痛馬上減輕。
輕微肛瘺癥狀，流膿，肛瘺流膿的程度與瘺管的長短、多少是有一定關系的，新生的瘺管流膿較多，分泌物不斷的刺激皮膚，出現瘙癢的癥狀，而且瘺管內的膿液積聚也會出現腫脹疼痛，甚至會引起發燒，而且瘺管外口排出的膿液一般是血性有粘稠性的，比較深的高位肛瘺，還會有糞便和氣體排出。