肉眼檢查：可見肛周皮膚有一個或多個瘺口，外口可有外突的肉芽組織，淺表肛瘺在內外口之間可摸到條索狀物，擠壓有膿性物排出；探針檢查：由皮膚瘺口伸入探針，可與肛診的手指接觸，確定內口的位置；染色檢查：經瘺口注入美藍，預置于肛門內的紗布染藍，以確定內口的位置；瘺口碘油選影：了解瘺管的走向與范圍；纖維結腸鏡檢：對因克隆病、潰瘍性結腸炎所致的瘺管，有診斷意義；病理診斷：排除某些瘺或瘺管惡性變。
結腸x線檢查。結腸x線檢查，有腹部透視、腹部平片、口服鋇劑和鋇灌腸等方法，而以后者最為嚴重。腹部透視和拍平片，只能發現腸扭轉、巨結腸、腸套疊等梗阻征象以及場外壓迫使腸管受到推擠的表現，對于檢查腸腔內的疾病并無益處。
肛瘺為肛門及直腸周圍處瘺管的形成。典型的肛瘺有內口，外口及瘺道組成。對于肛瘺的檢查，可以進行肛門指診，肛門鏡檢等，也可以采取彩超，CT，核磁共振等檢查，特別是對深部的肛瘺，當然還可以經過外口進行探針檢查，尋找內口。
肛腸疾病常規檢查，肉眼檢查：可見肛周皮膚有一個或多個瘺口，外口可有外突的肉芽組織，淺表肛瘺在內外口之間可摸到條索狀物，擠壓有膿性物排出；探針檢查：由皮膚瘺口伸入探針，可與肛診的手指接觸，確定內口的位置；染色檢查：經瘺口注入美藍，預置于肛門內的紗布染藍，以確定內口的位置；瘺口碘油選影：了解瘺管的走向與范圍。
肛瘺是肛腸疾病的一種，這種疾病情況是不一樣的，治療也是要根據情況選擇治療方法的，不管用什么樣的方法，目的就是出去肛瘺的病癥目前，肛瘺的治療方法是手術治療，它可以把整個瘺管打開，以防復發。肛瘺手術分類有瘺管切開術、肛瘺切除術、掛線療法等。