整個瘺管壁由增厚的纖維組織組成，內復一層肉芽組織，經久不愈。發病率僅次于痔，多見于男性青壯年，可能與男性的性激素靶器官之一的皮脂，肛瘺是指肛門周圍的肉芽腫性管道，由內口，瘺管，外口三部分組成。內口常位于直腸下部或肛管，多為一個。
導致肛瘺的主要原因是解剖學的因素。肛腺在大便的時候起潤滑作用，它會分泌一些粘液性的東西，防止大便太干燥。肛腺不發達的人在大便太干燥的時候，容易感染以后形成肛瘺。還有一些體質的因素。包括人過度勞累，這時候就容易抵抗力下降，進而細菌也就容易繁殖起來。喝酒、吃火鍋、麻辣食物也會刺激它的產生。
其實引起肛瘺的原因還是比較復雜的，主要的原因可能還是人體的抵抗力下降，人體的抵抗力一旦下降以后，這地方的屏障作用就下降了，細菌就會叫乘虛而入，就經過這些縫隙，跑到肛門周圍。
癥狀可能是痔瘡引起的，與便秘有關，痔瘡分為內痔和外痔，平時多吃蔬菜水果，預防便秘，可到醫院肛腸科確診一下。飲食不節：如食用辛辣刺激食物、過量飲酒或食用海鮮導致腹瀉，長期反復的腹瀉引起局部感染，蔓延至肛門周圍，形成肛瘺；2、病人有基礎疾病：包括血液疾病，其免疫力和全身抵抗力下降；傳染性疾病如結核，感染結核桿菌后，引起肛周病變；傳染性的性傳播疾病。
肛瘺是肛門裂反復感染可并發皮下瘺。外傷、吞咽骨頭、金屬，肛門體溫計，肛門鏡檢查等損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起。內痔注射誤入肌層或手術后感染，產后會陰縫合后感染，前列腺、尿道手術后感染等，均可波及肛門直腸引起膿腫及瘺。