肛瘺是肛門裂反復感染可并發皮下瘺。外傷、吞咽骨頭、金屬，肛門體溫計，肛門鏡檢查等損傷肛管直腸，細菌侵入傷口即可引起。內痔注射誤入肌層或手術后感染，產后會陰縫合后感染，前列腺、尿道手術后感染等，均可波及肛門直腸引起膿腫及瘺。
導致肛瘺的主要原因是解剖學的因素。肛腺在大便的時候起潤滑作用，它會分泌一些粘液性的東西，防止大便太干燥。肛腺不發達的人在大便太干燥的時候，容易感染以后形成肛瘺。還有一些體質的因素。包括人過度勞累，這時候就容易抵抗力下降，進而細菌也就容易繁殖起來。喝酒、吃火鍋、麻辣食物也會刺激它的產生。
癥狀可能是痔瘡引起的，與便秘有關，痔瘡分為內痔和外痔，平時多吃蔬菜水果，預防便秘，可到醫院肛腸科確診一下。飲食不節：如食用辛辣刺激食物、過量飲酒或食用海鮮導致腹瀉，長期反復的腹瀉引起局部感染，蔓延至肛門周圍，形成肛瘺；2、病人有基礎疾病：包括血液疾病，其免疫力和全身抵抗力下降；傳染性疾病如結核，感染結核桿菌后，引起肛周病變；傳染性的性傳播疾病。
肛瘺檢查目前主要檢查靠醫生的望診（看），直腸內手指觸診，肛鏡下觀察直腸內部情況來確診，但是可以通過以下幾種檢查方式來確診：瘺管的造影、磁共振、B超等，有時需要多種方法來合參。
肛瘺的原因有：肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反復感染，形成瘺道。或者是直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘺道，刺激腔壁，繼發感染后由外口排出，也是造成瘺道的原因。肛門直腸周圍膿腫破潰后，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合。