直腸炎的治療原則有以下幾點：中藥治療，應以健脾補腎，益氣除濕為治本之法，清熱解毒，活血化瘀為治標之用，辨證施治。西藥治療，根據病人炎癥明顯時可短期使用抗生素配合其他的藥物調節腸道功能，需要在醫生的指導下進行心理治療。心理治療，該病多伴有焦慮，抑郁，緊張，多疑等精神心理改變。
一般情況下，艾灸肛門對直腸炎的治療，能達到輔助治療的效果。
直腸炎多由腸道內菌群失調、有害菌滋生引起，而艾炙通常無殺菌、消炎之功效，故艾灸無法直接用于直腸炎，只能起到輔助治療的作用。直腸炎以藥物治療為主，在平時要注意生活作息規律，盡量不吃辛辣刺激性食物，不要濫用抗生素，以免對腸道正常菌群造成損害，這樣才能控制直腸炎病情。
直腸炎的治療有灌腸，對于糞便硬塊嵌頓導致的直腸炎應采取灌腸，解除糞便壓迫。由于引發直腸炎的病因較復雜，治療原則應根據引發直腸炎的病因及疾病采取相應的治療措施。可以通過糞便、涂片或活檢組織進行細菌、真菌和病毒檢測；相關抗體及毒素測定。要注意休息和飲食。
直腸炎栓是可以治療直腸炎的，栓劑作用比較直接效果也是比較好的，平時也可以去附近醫院中醫科診脈，看看舌苔，辯證調理中藥湯劑灌腸治療等，平時需要，消除各種可能致病的因素，如避免進食對胃黏膜有強刺激的飲食及藥品，避免辛辣刺激食物，避免油膩的食物，戒煙忌酒。注意飲食衛生，防止暴飲暴食。
直腸炎栓是可以治療直腸炎的，栓劑作用比較直接效果也是比較好的，平時也可以去附近醫院中醫科診脈，看看舌苔，辯證調理中藥湯劑灌腸治療等，平時需要，消除各種可能致病的因素，如避免進食對胃黏膜有強刺激的飲食及藥品，避免辛辣刺激食物，避免油膩的食物，戒煙忌酒。注意飲食衛生，防止暴飲暴食。