肛瘺手術失敗后，表現為，局部肛門外緣的瘺口，或者是傷口久不愈，里面形成內口。主要表現為肛緣的瘺口，分泌物，反復的腫脹，局部腫脹，可能伴有一些熱痛等不適，考慮肛瘺復發，或者是手術失敗。考慮是手術過程中并沒有完全清除，或者是切除瘺口漏洞，或者是術后護理沒有護理妥當。
肛瘺手術后復發，可以引起肛門周圍腫塊疼痛不適流膿等。考慮是刀口的原因可能性較大，低位性肛瘺大多數能治好。高位性肛周膿腫基本上都要二次手術。現在偶爾還會刺痛和癢，注意局部清潔衛生，溫水坐裕。保持大便通暢，不食辛辣刺激性食物，如肛門灼熱不適，有下墜感，要及時復診。
如肛門灼熱不適，有下墜感。低位性肛瘺一次性都能治病，高位性肛周膿腫基本上都要二次手術才能治好。手術后偶爾還會刺痛和癢議注意局部清潔衛生，溫水坐裕。保持大便通暢，不食辛辣刺激性食物，要及時復診。
肛瘺的癥狀是會排膿，膿汁粘稠，黃色、味臭；瘺管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水；若膿量增加，則表示新瘺管生成瘺管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升。
輕微肛瘺癥狀，流膿，肛瘺流膿的程度與瘺管的長短、多少是有一定關系的，新生的瘺管流膿較多，分泌物不斷的刺激皮膚，出現瘙癢的癥狀，而且瘺管內的膿液積聚也會出現腫脹疼痛，甚至會引起發燒，而且瘺管外口排出的膿液一般是血性有粘稠性的，比較深的高位肛瘺，還會有糞便和氣體排出。