檢查肛瘺要用肛鏡檢查，直視下看到齒線全部，內口常在紅腫發炎的肛瘺，有分泌物，對可疑的肛隱窩可用銀質園頭探針探入，還可以探針檢查，先于肛門內插手指，用銀質園頭探針，由外口沿管道向腸腔方向輕輕探入，完全性肛瘺，腸腔內手指在齒線附近可摸到探針確定內口，探時切忌盲目用力，免成假道，使感染擴散。
肛瘺檢查目前主要檢查靠醫生的望診（看），直腸內手指觸診，肛鏡下觀察直腸內部情況來確診，但是可以通過以下幾種檢查方式來確診：瘺管的造影、磁共振、B超等，有時需要多種方法來合參。
肛瘺的檢查方法可以做肛門指檢，肛門指檢為最常見、最直接的檢查方法，可觸及條索狀物及硬結。還有就是美蘭造影，將美蘭從外口打進，如果美蘭由肛門流出，可診斷肛瘺。影像學檢查包括B超、磁共振、肛瘺造影。手術探查需在麻醉狀態下進行。
患有肛門膿腫的一般都可以用多普勒超聲檢查是否有肛瘺，它是可見的，到三級以上的正規醫院做肛腸檢查，可以做肛門指檢查和肛門內窺鏡檢查，也可以進行局部彩色多普勒超聲和CT檢查，找出癥狀的原因治療，必要時手術治療。
檢查時在肛周皮膚上可見到單個或多個外口，呈紅色乳頭狀隆起，擠壓時有膿液或膿血性分泌物排出。外口的數目及與肛門的位置關系對診斷肛瘺很有幫助：外口數目越多，距離肛緣越遠，肛瘺越復雜。其他檢查應在專業醫生操作下進行，包括肛診、內鏡檢查、B超檢查、磁共振檢查等。