巧克力囊腫如果不積極治療，可能發生巧囊破裂，類似急腹癥，逼迫病患急診就診。因此建議病患檢查確診巧囊及時治療。巧囊有藥物治療和手術治療兩種方法，對于較大的巧囊藥物治療效果不好，而手術治療可以祛除病灶的同事盡可能的保留卵巢功能。建議選擇甲三級正規專業的醫院，治療效果有保證，更安全。
該病主要與痰瘀有關，痰濁阻遏經脈影響沖任致使經血不調，運行不暢胞，宮失養痰濁阻滯氣機升降，影響水液代謝痰瘀是產生子宮內膜異位癥癥狀和體征的關鍵所以，要慎重根據自身的狀況來選擇治療，治療時需要去正規大醫院。
B超發現卵巢囊腫，明確告知囊腫是良性還是惡性，是否診斷卵巢巧克力囊腫，這是不現實的。b超可判定盆腔是否有囊腫，囊腫位置及囊腫內部結構，但不能診斷子宮內膜異位癥。子宮內膜異位癥有時很難與卵巢惡性腫瘤、結核病和炎性腫塊區分開來。
本來是應該只存在于子宮內，子宮內膜具有根據體內激素水平的變化周期性增殖、脫落而形成月經。子宮內膜出現在別的地方。出現在其他地方的子宮內膜也和處于子宮內的子宮內膜一樣，具有周期性增殖、脫落的規律。
可以根據自身出現的癥狀判斷，發生卵巢囊腫多表現有小腹疼痛、小腹不適、白帶增多、白帶色黃、白帶異味、月經失常，而且通常小腹內有一個堅實而無痛的腫塊。以前不痛經者開始痛經或痛經持續加重。