卵巢巧克力囊腫目前認為以腹腔鏡確診、手術加上藥物為內異癥治療的金標準。有條件的醫院，腹腔鏡手術應為內異癥的首選治療方法，但腹腔鏡手術的選擇及效果在很大程度取決于設備、器械和手術者的經驗及技巧。開腹手術可用于腹腔鏡條件不具備或非常復雜的手術，如嚴重粘連和有多次手術史者。治療時需要去正規大醫院。

去專業正規的醫院進行檢查和治療，遵醫囑用藥。盡量吃清淡一點，要忌生冷和茶。個人的衛生習慣也很重要，內衣勤洗勤換。多用開水燙洗然后放在太陽底下暴曬。保證良好的作息，不要太晚睡覺。

巧克力囊腫與中醫的氣滯血瘀有關，與宮寒，或是濕熱的炎癥引起的血瘀有關，需要中醫把脈或四診辨證檢查診斷，進行治療，主要是以活血化瘀，把巧克力囊腫消散掉，或是使月經調順，月經正常，經來不痛。

手術方式有開腹手術和經腹腔鏡手術兩種。腹腔鏡手術是本病比較適合的處理方法。目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為內異癥治療的選擇。有條件的醫院，腹腔鏡手術應為內異癥的首選治療方法。

巧克力囊腫的治療有兩種方式，一種是藥物控制，效果不好。另一種是手術治療，能夠達到治療的目的，但是需要選擇合適的方式治療，有些女性需要生育所以只能采取保守治療方法。

可以試試中藥診脈調理，對這種病有效果。注意姿勢端正，調節情緒。注意休息飲食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸飲料。多喝溫熱蔬菜湯。熱敷理療，注意保持清淡飲食為主，忌食辛辣刺激性食物和過于油膩的食物，注意戒煙戒酒。