一旦確診，立即禁飲食，一般需要禁食5-10天，腹脹明顯的給予胃腸減壓。靜脈補充液體及維持營養，禁食期間必須靜脈補液，維持水電解質及酸堿平衡。有腸穿孔，腹膜炎癥狀明顯的經內科治療無效者應積極行手術治療。

首先是禁食一旦發現立即禁食，輕者5～10天重者10～15天或更長，腹脹明顯時給予胃腸減壓，禁食期間必須靜脈補液，維持水電解質及酸堿平衡營養支持，可根據培養藥敏選擇抗生素來抗感染，對癥治療。

新生兒壞死性小腸結腸炎的表現輕者可有腹脹、嘔吐、腹瀉或者便血，重者伴有全身非特異性的敗血癥，其他可有呼吸暫停、心動過緩、嗜睡、休克等感染中毒現象，早期可以胃排空延遲之后出現腹脹，嚴重的還可出現嘔吐及消化道出血。

新生兒壞死性小腸結腸炎特征是在小腸遠側和近端處，常見的是早產嬰兒和足月嬰兒，男性多于女性。
一般在出生后2-3個星期內出現，首先是腹部腫脹，其次是惡心，其次是有膽汁或咖啡渣樣物質；最后是大便和大便，可以是鮮血、果醬樣和黑色，x光檢查可以顯示出小腸脹氣，腸道形狀堅硬，腸腔增粗，腸道腔內積氣體，門脈氣體。在進行治療的時候一定要嚴格的禁食，在沒有出現嘔吐和腹痛癥狀的情況下，如果出現了進食的情況，就可以進行手術。

一般來說，新生兒壞死性小腸結腸炎需要通過以下途徑進行治療。
出現新生兒壞死性小腸結腸炎的情況，一旦確診應當給禁食，禁飲食期間還應當遵醫囑給予葡萄糖脂肪乳、氨基酸等藥物進行靜脈補液，從而幫助維持水電解質和酸堿平衡。然后在醫生的指導下使用第三代頭孢菌素進行治療。對于病情較為嚴重，甚至出現休克組長的新生兒，還應當在醫生的指導下使用血漿、低分子右旋糖酐等藥物來輸注平衡鹽溶液液。對于出現穿孔腹膜炎的新生兒，還需要考慮進行手術。

腹部X線攝片有助于對新生兒壞死性小腸結腸炎的確診。新生兒壞死性小腸結腸炎臨床上以麻痹性腸梗阻、腸腔間隔變寬、腸壁積氣門靜脈充氣等為特征。嚴重病人有腸袢固定、腹水、氣腹等癥狀，說明腸管壞死、腹膜炎、腸穿孔。
血氣分析、血常規、血培養是判斷病情的重要檢查，主要表現為外周血中的中性粒細胞、血小板減少、代謝性酸中毒、呼吸性酸中毒、休克、彌漫性血管內凝血。如果有上述三種情況，就可以診斷為全身感染中毒，比如體溫不高、臉色蒼白、呼吸紊亂、心跳過緩等。消化道表現為胃潴留、嘔吐、肉眼血便、腹脹、腸鳴音消失。