灌腸對腸粘膜可造成不同程度損傷。
灌腸是將一定量的溶液直接注入直腸結腸，刺激直腸結腸的蠕動而引起排便，但是可引起腸粘膜水腫、易拉肚子，可有腹痛，不過一般是一過性的，不發生腸炎之類的疾病，無法服藥，則可考慮灌腸。如果需要長期使用，最好還是要用一次性肛管，因為肛管套在直腸里比較舒服。兒童一般不宜灌腸多使用肛塞藥品，腸道黏膜薄弱，完全吸收藥品。

一般來說，長期灌腸對人體的危害是有很多的，具體內容如下：
1.長期灌腸對肛門括約肌會有損傷，有可能出現肛門括約肌失調，從而導致大便失禁或排便反射減退。
2.長期灌腸還有可能損害腸道的黏膜，藥物洗劑腸道黏膜，容易增加患病的風險。
患者在治療期間注意清淡、易消化飲食，盡量避免吸煙飲酒，減少高熱量、刺激性、生冷食物的攝入。還可適當進行體育鍛煉，有助于增強體質。

直腸黏膜皺褶少，無絨毛，吸收面積小，藥物吸收比較緩慢，進入血液循環的藥量特別有限。另外，灌腸也不是一種安全、無菌的給藥方式，腸道內含有很多細菌，有可能隨著滴入液進入腸道深處，造成污染。

在灌腸過程中，患兒會出現面色蒼白、出冷汗、劇烈的腹痛、心率加快、氣急，時候應該立即停止灌腸，灌腸的時候一定要特別注意，灌入的灌腸液，不能夠過快過猛，更換灌腸器械的時候，要防止空氣進入，要避免直腸內的液體返流。

通常情況下，小兒疊腸灌腸后出現腹瀉是很常見的現象。灌腸可以減輕腸胃的壓力，幫助消化道排泄。另外還需要進行靜脈營養和抗生素的注射。隨時注意病情的變化，如不能改善，必須盡快進行手術，避免延誤。由于兒童的各項器官還不十分成熟，免疫力也比較低，建議平時要做好相關護理，避免受到疾病的侵襲，一旦出現不適要及時就醫治療。

一般情況下，小兒灌腸不會引起腸炎，腸炎是由細菌、病毒、真菌、寄生蟲等引起的。
一般急性腸炎后，灌腸是最有效的治療方法，尤其是小兒腹瀉時，灌腸效果很好，容易接受，且無副作用。
需要注意的是，家長要讓保證孩子充足的睡眠，避免劇烈運動，同時禁止飲水，讓胃腸得到充分的休息，等到腹痛減輕后再飲用。
另外，孩子在平時生活中還要注意保暖、多喝水、勤鍛煉，多吃雞蛋、牛奶等高蛋白的食物，以此來增強抵抗力。