主要檢查腦電圖，頭部ct，頭部核磁。異常腦電圖通常會出現明顯的癲癇樣的放電狀況，像廣泛的及慢復合波以及放光，放電等之類的陣發性的反應。在頭部ct和頭部核磁上能夠發現一些原發的腦部的一些器質性病變。

病毒分。病毒在疾病開始時從血清和腦脊液中分離出來，但陽性率很低。死后，腦組織可用于分離病毒。可以進行補體結合試驗：可以診斷出雙倍血清化合物增加超過4倍或單次血清滴度為1:16或更高。

癥狀加儀器診斷比較好。曾患有腦膜炎病史。臨床癥狀出現肢體運動障礙、智力障礙、失語、眼球麻痹、吞咽困難等。結合神經電生理檢查、腦脊液檢查、腦電圖檢查、頭顱MRI、CT等檢查進行診斷。

化膿性腦膜炎：但冬春季節多見，病情發展較速，重者病后1～2天內即可進入昏迷。流腦早期即可見瘀點。肺炎雙球菌腦膜炎、鏈球菌腦膜炎以及其他化膿性腦膜炎多見于幼兒，常先有或同時伴有肺炎，中耳炎，乳突炎，鼻竇炎或皮膚化膿病灶，而乙腦則無原發病灶。必要時可查腦脊液鑒別。

可以通過腦電圖和核磁共振進行檢查。腦電圖通過安置電極于頭顱皮膚，記錄腦內發出的電波，癲癇發作，則腦電波發生特征性改變；核磁共振通過3.0T以上高場強核磁共振，可發現大腦結構特征性改變，判斷癲癇病灶。

實驗室檢查。血液：急性期周圍血液的白細胞計數顯著增加，未成熟細胞可能主要由中性粒細胞存在。腦脊液，細菌抗原測定和其他選擇性測試。包括：血糖，血尿，肝腎功能，血電解質。