腦底脈管炎致管腔阻塞。引起相應部位腦缺血和梗死；腦積水：由于腦膜粘連，腦脊液循環障礙所致；顱神經受損麻痹：如耳聾、視力障礙、斜視、面神經癱瘓等。有手引起腦膜炎后遺癥的原因。

發病原因是原受累神經得不到良好的血供應。病毒和炎癥再度損傷神經而繼發的變性病變早期，現病的治療比原發性神經損傷治療難度更大，延誤治療有可能導致不完全性截癱。所以及早治療比較好。

血管擴張。血管擴張主要是顱外動脈擴張，是導致腦炎后遺癥的一個主要的病理因素，主要是由于腦炎患者生活中經常服用一些擴血管藥物，導致血管擴張，血液流動加快，引起腦炎后遺癥的發作。

原因有很多。比如：遺傳原因：在不同的家族里已發現有許多類型腦炎后遺癥；顱腦損傷：顱腦損傷可以導致腦炎后遺癥發作，如果顱腦損傷較嚴重，發作可能在近幾年就會發生。

腦炎后遺癥常見的癥狀是精神遲鈍，抽搐，大腦癱瘓，小腦畸形，智力低下，運動障礙，腦積水等。神經異常的表現多有發熱、頭痛、嘔吐、嗜睡、昏迷、驚厥等，重者則大腦、丘腦下部、底節、腦干、小腦和脊髓的癥狀都可能有異常表現。

遺傳原因：在不同的家族里已發現有許多類型腦炎后遺癥并且有些家族被檢測出某一特殊基因異常。這些基因異常可導致人體內鈣、鉀、鈉以及其他化學物質代謝細微的改變。