原因有很多。比如：遺傳原因：在不同的家族里已發現有許多類型腦炎后遺癥；顱腦損傷：顱腦損傷可以導致腦炎后遺癥發作，如果顱腦損傷較嚴重，發作可能在近幾年就會發生。

血管擴張。血管擴張主要是顱外動脈擴張，是導致腦炎后遺癥的一個主要的病理因素，主要是由于腦炎患者生活中經常服用一些擴血管藥物，導致血管擴張，血液流動加快，引起腦炎后遺癥的發作。

發病原因是原受累神經得不到良好的血供應。病毒和炎癥再度損傷神經而繼發的變性病變早期，現病的治療比原發性神經損傷治療難度更大，延誤治療有可能導致不完全性截癱。所以及早治療比較好。

遺傳原因：在不同的家族里已發現有許多類型腦炎后遺癥并且有些家族被檢測出某一特殊基因異常。這些基因異常可導致人體內鈣、鉀、鈉以及其他化學物質代謝細微的改變。

炎后遺癥是指腦炎在經過急性期的積極治療后，一些仍留有不同程度的肢體運動障礙、智力障礙、失語、眼球麻痹、吞咽困難等后遺癥，采用多種及時有效的康復手段可以改善后遺癥。腦炎在經過急性期的積極治療后，留下不同程度的功能障礙。病毒性腦炎后遺癥主要表現有：①失語、語言遲鈍、癱瘓、吞咽困難、視神經萎縮、耳聾、癲癇等神經系統損害；②癡呆、記憶力及理解減退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滯。

腦底脈管炎致管腔阻塞。引起相應部位腦缺血和梗死；腦積水：由于腦膜粘連，腦脊液循環障礙所致；顱神經受損麻痹：如耳聾、視力障礙、斜視、面神經癱瘓等。有手引起腦膜炎后遺癥的原因。