早期肛瘺通過直腸肛門指檢，可以摸到條索狀的一個管道、大部分通過目測和直腸肛門指診即可檢查出來，少部分復雜或難以確診的，做腔內超聲或者是肛周超聲或核磁共振進行確診，通過直腸腔內超聲，能夠發現直腸肛圍的膿腫、管道等。
肛瘺為肛門及直腸周圍處瘺管的形成。典型的肛瘺有內口，外口及瘺道組成。對于肛瘺的檢查，可以進行肛門指診，肛門鏡檢等，也可以采取彩超，CT，核磁共振等檢查，特別是對深部的肛瘺，當然還可以經過外口進行探針檢查，尋找內口。
肛瘺檢查目前主要檢查靠醫生的望診（看），直腸內手指觸診，肛鏡下觀察直腸內部情況來確診，但是可以通過以下幾種檢查方式來確診：瘺管的造影、磁共振、B超等，有時需要多種方法來合參。
肛瘺的檢查方法可以做肛門指檢，肛門指檢為最常見、最直接的檢查方法，可觸及條索狀物及硬結。還有就是美蘭造影，將美蘭從外口打進，如果美蘭由肛門流出，可診斷肛瘺。影像學檢查包括B超、磁共振、肛瘺造影。手術探查需在麻醉狀態下進行。
患有肛門膿腫的一般都可以用多普勒超聲檢查是否有肛瘺，它是可見的，到三級以上的正規醫院做肛腸檢查，可以做肛門指檢查和肛門內窺鏡檢查，也可以進行局部彩色多普勒超聲和CT檢查，找出癥狀的原因治療，必要時手術治療。