腦膜炎可以通過穿刺、磁共振等檢查明確具體情況。
在確診腦膜炎時，要根據病人有沒有頭痛、惡心、嘔吐、頸部肌肉麻木、抽搐、譫妄等神經系統的表現明確具體情況。如果有以上的表現，可以進行穿刺檢查，確定腦脊液的性質和病因。如果是腦膜炎，可以通過磁共振來檢測，但是很難對其進行明確的分類，因為只是因為腦膜炎癥的變化而導致的，如果是輕微的腦膜炎，可以通過藥物來緩解，如果病情加重，會危及到病人的性命。

小兒腦膜炎應該做以下檢查。
脊液檢查─化學檢查─蛋白質檢查，腦嵴液病原體檢查（CSF），腦脊液細菌培養等，腦脊液的一般性狀檢查，聚合酶鏈反應技術、血常規、胸部平片、胸部MRI等。在臨床上常見到腦嵴髓膜炎癥和顱內感染等癥狀相似者，容易混淆，造成誤診。確診腦炎，用特異性抗體檢驗或者病毒分離，可以進一步闡明病原。

CT、MRI檢查。病變早期CT或顱腦MRI檢查可正常。有神經系統并發癥時可見腦室擴大、腦溝變窄、腦腫脹、腦移位等異常表現。并可發現室管膜炎、硬膜下積液及局限性腦膿腫。增強MRI掃描對診斷腦膜炎比增強CT掃描敏感增強。

病毒性腦炎的診斷主要通過病毒學和免疫學的檢查而確定，但是目前病毒類型尚難通過敏感及特異的分子生物學檢測方法而確定，故其早期診斷主要依賴臨床表現，腦電圖檢查，腦脊液常規生化檢查及頭顱CT/MRI檢查。

腦膜炎的診斷要綜合考慮患者的癥狀、體征、頭顱CT、血常規、腦脊液的常規檢查、腦脊液的免疫檢查等。
腦膜炎的病人有可能會有頭疼、惡心、嘔吐、頸部僵硬等表現。如果頭部CT顯示有腦水腫，沒有其他的癥狀，腦脊液細胞學和病原學檢查有致病微生物，可以診斷為腦膜炎。腦膜炎一旦確診，應積極使用敏感的抗生素進行抗感染治療，并要注意減少顱內壓、改善腦代謝、緩解腦水腫等。

臨床上，如果是急性腦膜炎，首先要做常規檢查，比如血液分析、c反應蛋白、紅細胞沉降率、降鈣素原、病毒篩查、肝腎功能等。
同時還要抽取腦脊液進行化驗，看看是病毒性腦膜炎還是細菌性腦膜炎、隱球菌腦膜炎。還需要做頭顱磁共振檢查，看看是腦膜炎還是腦膜腦炎。如果患者還有癲癇，需要做腦電圖檢查，排除腦膜炎等繼發性癲癇的可能。