生理性囊腫不需要手術，病理性囊腫通常需要手術來確認診斷并相應地治療。去正規醫院檢查做B超。彩色B超，X線檢查，腹腔鏡檢查等先進的診斷技術可用于卵巢囊腫的早期診斷。雖然卵巢囊腫易于惡變，但只要早期發現，早期發現和早期治療都可以避免。

卵巢巧克力囊腫的危害有：引起月經不調、腹痛、性生活痛等不適癥狀；造成盆腔器官的粘連；導致彌漫性腹膜炎；引起輸卵管阻塞，導致不孕。反胃、嘔吐、發燒和腹部劇痛。需要去正規醫院專科治療的。

巧克力囊腫的早期癥狀是痛經，且呈進行性加重，有的也可沒有癥狀，是由于不孕癥，去醫院檢查時才發現的。巧克力囊腫的癥狀主要是月經量多、痛經、腹部包塊，尤其是會出現性前時疼痛出血。

巧克力囊腫的護理要保證充分的睡眠：每天早起早睡，可以使皮膚變得更好，而且卵巢也會更健康。還可以適量喝些紅酒：紅酒可以促進卵巢活性，從而提高卵子的質量。多吃一些一些豆腐豆漿及豆制品，因為里面含有大量的植物蛋白，可以讓卵巢更結實，卵子更健康。

巧克力囊腫，飲食上沒有特別需要注意的，少吃點豆制品，如果巧囊不大，可以不用治療，如果巧囊大了，可以再次考慮手術剝除。避免一切寒涼食品。行經前后，尤須注意進食過熱的湯、菜，生冷食物均屬禁忌。肥厚油膩，易于滯瘀，少食為好，清淡疏利之品較為適宜。干果不忌，可隨時食用，養生行血，核桃溫陽，大棗、桂圓益氣養血，更為適用。

巧克力囊腫在臨床上最主要的癥狀會出現經期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐漸加重的趨勢，月經不規律、月經量的改變等。由于巧克力囊腫不僅可以引起卵巢局部的變化，還可能會導致盆腔組織粘連，會引起下腹部疼痛，這種疼痛常常是在月經期或者性生活的時候疼痛加重。